Jeskyně Sklepy byla dlouhou dobu nejdelší známou jeskyní Českého ráje.
O své prvenství přišla až po speleopotápěčském průzkumu Bartošovy pece (225 m). Jeskyně Sklepy má cca 200 m zaměřených chodeb. Nachází se v blízkosti hradu Trosky a co by to bylo za hrad, kdyby neměl tajnou chodbu. Ta má právě vyúsťovat v této jeskyni. Hledačí chodby se kolem roku 2000 podepsali na poškozování jeskyně. Závadou ani tak nebylo odstranění mnoha m3 písku z plazivky a prostoru za ní, jako hlavně odření stěny pohybem kolejové lanovky tento písek vyvážející. V této době došlo i k odpadnutí jednoho z bloků v prostoru mezi vstupní místností a chodbou, která se postupně snižuje do plazivky. Návštěvníci hradu byli tehdejším kastelánem seznamováni s pověstí o tajné chodbě včetně informace o poloze jeskyně. Ochrana přírody proto přistoupila k uzavření jeskyně pomocí mříží. Mříže občas neodolaly pilkám zájemců o návštěvu prostor. Vstupní místnost je navíc místem s kolonií vrápence malého, který je jako všichni letouni chráněný. Proto došlo k instalaci druhé mříže hned do vchodu do jeskyně.
Jeskyně Sklepy je kombinovanou jeskyní puklinovo rozsedlinovou.
Ve stropě plazivky jsou lanem vydřené rýhy. Před propagací jeskyně a jejím vyklízením se stávalo, že tato část chodby byla zcela vyplněna pískem v délce cca 6 m. Některé roky dokonce jeskyně nebyla vůbec navštívena. Odstranění těchto sedimentů trvalo půl dne a po větších deštích či jarním tání se jeskyně opět sama uzavřela.