Pískovce Klokočských skal nejsou homogenní. Tyto nehomogenity se vyvinuly v několika obdobích. Při sedimentaci, při zpevňování horniny, při tektonických pohybech i při zvětrávání. Téměř 100 milionů let nehomogenity přibývají.
Primární nehomogenitou jsou sedimentární struktury, která byla způsobena změnami přinášeného materiálu vlivem měnícího se průtoku řek, či vlivem vlnění nebo gravitačního sesouvání a turbiditních proudů na čele mohutné říční délty. Když už ležel písek nehybně na dně mořském, docházelo postupně k jeho zpevňování. Ani zde neprobíhalo zpevňování stejně. Asi nejpodstatnějším jevem zde byl vznik obrovských kulovitých konkrecí. Předpokládám, že se jednalo zpevnění karbonátovým tmelem, ale analýzy neprokázaly žádné zbytky karbonátů, jen stopy křemitého tmelu. Zdrojem mohly být pozůstatky organizmů a hnacím motorem fyzikálně chemické pochody, které by bylo potřeba vysvětlit. A byly zde vůbec konkrece? Na některých lomových stěnách vidíme dutiny. Mezi masivní horninou a dutinou je velmi ostrý přechod, jakási vnitřní kůra. Uvnitř, namísto stmeleného pískovce je pouze sypký písek, který bývá většinou světlejší, než okolní skála. Proč by tam měl být dříve karbonátový, opálový či jiný tmel? Protože, kdyby tam nebyl rozpustný tmel, pak by byla hornina stmelena kaolinickým tmelem, stejně jako v okolí. Důkazem stmelení, které bylo mechanicky odolnější než v okolí jsou stopy smykového napětí či spíše pohybu, které se odehrávaly na povrchu těchto koulí.
Zhruba uprostřed fotografie uvnitř jeskyně je tektonické zrcadlo. Jeho orientace odpovídá plochám u konkrecí ve stěně. Minimálně jedna tektonická fáze, která deformovala pískovce, tedy proběhla v době, kdy konkrece tvořily velmi odolná jádra.
Tektonika vytvořila další nehomogenity. Každá trhlinka je nehomogenitou. Každý pozůstatek napětí je nehomogenitou. Homogenní prostředí je fádní nezajímavé. Klokočské skály mají tu výhodu, že se velmi blízko nachází pásmo lužické poruchy, která se zde sice stáčí k severovýchodu a mizí přestává být zřetelná, ale zlomů zde najdeme mnohem víc, než je v mapách zakresleno. A to nemluvím o mikrozlomech, které se projevují jako deformační pásky, ale o zlomech se s posunem o desítky metrů.